อุดมไปด้วยสัตว์น้ำนานาชนิด โดยเฉพาะมีจระเข้ชุกชุมมาก ประมาณกันว่าไม่ต่ำกว่า 3,000 ตัว ปัจจุบันยังมีหลักฐานยืนยันได้จากระดูกจระเข้จำนวนมากอยู่ที่วิหารวัดบึงสามพันล่าง โดยลุงเย้า ซึ่งเคยเป็นบุคคลสำคัญของฟาร์มจระเข้จังหวัดสมุทรปราการ ได้เคยฟังเสียงเล่าลือเป็นครั้งแรกมาก่อน เมื่อปีพุทธศักราช 2493 ว่า ณ บึงสามพันแห่งนี้มีจระเข้กว่า 3,000 ตัว โดยได้เดินทางมาทางเรือตามแม่น้ำป่าสักผ่านจังหวัดอ่างทอง ลพบุรี อำเภอชัยบาดาล อำเภอวิเชียรบุรี จนเข้าเขตอำเภอบึงสามพัน สามารถจับจระเข้ได้เป็นจำนวนมาก ประมาณว่าจระเข้ในบึงมีมากกว่า 3000 ตัวอีก สมกับคำล่ำลือกันว่าบึงสามพัน โดยถูกเรียกชื่อว่าเป็นบึงสามพันมานานแล้ว จนกระทั่งถูกนำใช้มาเป็นชื่อของอำเภอบึงสามพันในปัจจุบัน