วัดทิพยวารีวิหาร สร้างขึ้นตั้งแต่ประมาณปี พ.ศ. 2319 ด้วยภายในวัดแห่งนี้มีบ่อน้ำโบราณ ซึ่งชาวบ้านเชื่อกันว่าเป็นบ่อน้ำทิพย์ เป็นบ่อน้ำที่มีตาน้ำ ซึ่งจะทำให้มีน้ำไหลออกมาตลอดไม่เคยเหือดแห้ง จึงเรียกวัดนี้กันว่า วัดกัมโล่วยี่ (กัมโล่ว แปลว่า น้ำทิพย์ และยี่ แปลว่า วัด) เคยเป็นวัดรกร้างไม่มีพระสงฆ์จำพรรษาเลยนานหลายปี จนถึงประมาณปี พ.ศ. 2439 พระอาจารย์ไหซัน พระภิกษุจีนชาวมณฑลหูหนาน ได้จาริกมาจำพรรษาที่วัดทิพยวารีวิหารแห่งนี้ ท่านจึงได้ทำการบูรณปฏิสังขรณ์ขึ้นมาใหม่ และได้ชักนำคนไทย - คนจีนในเขตนั้น อันมีนายเช็งเต็ก แซ่เจี่ย และนางซิ่วออม แซ่ตัน สองสามีภรรยาคหบดีผู้กว้างขวางในกลุ่มชาวจีน ในย่านตลาดมิ่งเมืองเป็นแกนนำ ต่อมาทายาทของครอบครัวท่านทั้งสองนี้ ได้รับพระราชทานนามสกุลจากพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่6 ว่า "เศวตมาลย์" พระอาจารย์และประชาชนในครั้งนั้น ได้ร่วมกันบูรณปฏิสังขรณ์วัดใหม่ทั้งวัด จนวัดอยู่ในสภาพสมบูรณ์สวยงาม พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ 5) จึงได้ทรงพระราชทานสมณศักดิ์ให้อาจารย์ไหซัน เป็นหลวงจีนธรรมรสจีนศาสน์ ปลัดซ้ายจีนนิกายดำรงตำแหน่งเป็นเจ้าอาวาส และได้ทรงพระราชทานนามวัดกัมโล่วยี่ให้ใหม่ว่า "วัดทิพยวารีวิหาร" ตรงกับ พ.ศ. 2452 เหตุที่ให้ชื่อวัดเป็นเช่นนี้ เพราะที่วัดนี้มี "บ่อน้ำศักดิ์สิทธิ์" หรือ "บ่อน้ำทิพย์" อยู่นั่นเอง ตั้งแต่นั้นมาคนทั้งหลายจึงเรียก "วัดกัมโล่วยี่" หรือวัดน้ำทิพย์นี้เป็น "วัดทิพยวารีวิหาร" อันเป็นวัดในสังกัดคณะสงฆ์จีนนิกายจนถึงปัจจุบัน