วัดบางพระเป็นวัดเก่าแก่ สร้างมาเมื่อใดไม่มีหลักฐานที่บันทึกไว้ แต่สันนิษฐานว่าสร้างในสมัยกรุงศรีอยุธยาตอนกลาง (ประมาณ พ.ศ.๒๒๒๐) โดยอาศัยหลักฐานทางโบราณคดี คือ อุโบสถหลังเก่า ที่มีโครงสร้างและภาพจิตรกรรมฝาผนัง ที่บ่งบอกว่าเป็นศิลปะในสมัยนั้น ประกอบกับการขุดค้นทางโบราณคดี โดยสำนักศิลปากรที่ ๒ สุพรรณบุรี กรมศิลปากรเพื่อศึกษารูปแบบและแนวทางในการบูรณะตั้งแต่ เดือนกันยายน ๒๕๔๗ แล้วเสร็จในเดือนพฤษภาคม ๒๕๔๙ ทำให้ได้ทราบข้อมูลใหม่ทางวิชาการโบราณคดีเกี่ยวกับประวัติความเป็นมาของวัดบางพระ ตามหลักฐานทางโบราณคดีทำให้ทราบว่า อุโบสถหลังเก่าอยู่ในสมัยกรุงศรีอยุธยาเท่านั้น ไม่สามารถทราบได้ว่าใครเป็นผู้สร้างและมีประวัติความเป็นมาอย่างไร แต่เพียงเท่านี้ก็ทำให้เข้าใจได้ว่าวัดบางพระเป็นวัดเก่าแก่มีประวัติความเป็นมายาวนานกว่า ๓๓๐ ปี เป็นศูนย์รวมจิตใจของชาวบ้านในละแวกนี้มาช้านาน และทางวัดบางพระเองก็ได้รับการอุปถัมภ์จากชาวบ้านมาเป็นอย่างดีตลอดมา ในขณะเดียวกันอุโบสถหลังเก่าที่มีขนาดเล็กและคับแคบ พระสงฆ์ไม่สามารถประกอบสังฆกรรมได้อย่างสะดวก เพรามีผู้ศรัทธาเลื่อมใสในพระพุทธศาสนาและขอบรรพชาอุปสมบทเป็นจำนวนมาก ดังนั้น เจ้าอธิการหิ่ม อินฺทโชโต เจ้าอาวาสวัดบางพระในสมัยนั้นได้ชักชวนพระภิกษุสงฆ์และชาวบ้าน ร่วมกันดำเนินการก่อสร้างอุโบสถหลังใหม่ขึ้นมา โดยได้ชักลากไม้บริเวณรอบๆ วัด (กล่าวกันว่าในสมัยนั้นบริเวณรอบๆ วัดบางพระเป็นป่าไม้ที่ยังอุดมสมบูรณ์มาก) มาก่อสร้างอุโบสถไม้ที่มีขนาดใหญ่โต แห่งหนึ่งในละแวกคุ้งน้ำนครชัยศรี โดยสร้างแล้วเสร็จในปี พ.ศ. ๒๔๗๐ ในสมัยพระอุดมประชานาถ (เปิ่น ฐิตคุโณ) เป็นเจ้าอาวาสวัดบางพระ ท่านได้ทำการพัฒนาวัดบางพระจนเจริญรุ่งเรืองมาเป็นลำดับ โดยท่านได้ทำการบูรณะอุโบสถหลังใหม่ เนื่องจากอุโบสถหลังใหม่นี้สร้างจากไม้ทั้งหลัง จึงชำรุดทรุดโทรมไปตามกาลเวลา โดยท่านได้ทำการบูรณะอุโบสถหลังใหม่เป็นคอนกรีตนอกจากนี้ยังทำการบูรณะและก่อสร้างถาวรวัตถุต่างๆ เพื่อเป็นสมบัติในพระพุทธศาสนาไว้อีกมากมาย จวบจนชีวิตของท่าน ต่อมา พระครูอนุกูลพิศาลกิจ (สำอางค์ ปภสฺสโร) เจ้าอาวาสรูปปัจจุบัน ได้ดำเนินรอยตามปฏิปทาของอดีตเจ้าอาวาสวัดบางพระ ทำนุบำรุงและพัฒนาวัดด้วยดีตลอดมา โดยในปี พ.ศ.๒๕๔๙ ได้ร่วมกับกรมศิลปากรดำเนินการบูรณะอุโบสถหลังเก่าจนมีสภาพที่ดีจนถึงปัจจุบัน