ในสมัยที่พระมงคลเทพมุนีได้มรณภาพไปแล้ว ลูกศิษย์ของท่าน รวมถึงแม่ชีจันทร์ ขนนกยูง ได้สืบทอดสายปฏิบัติของวิชชาธรรมกาย ให้กับลูกศิษย์รุ่นใหม่ที่วัดปากน้ำภาษีเจริญ ในสมัยนั้น ไชยบูลย์ สุทธพลศึกษาอยู่ที่มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ในปี พ.ศ. 2506 ไชยบูลย์ ได้ไปที่วัดปากน้ำภาษีเจริญ หลังจากที่ได้อ่านวารสาร วิปัสสนาบันเทิงสาร ซึ่งมีอ้างถึงคุณวิเศษของแม่ชีจันทร์ ไชยบูลย์ได้ชักชวนเพื่อนนักศึกษาร่วมกิจกรรมที่วัดปากน้ำภาษีเจริญ คณะลูกศิษย์แม่ชีจันทร์จึงขยายมากขึ้น มีอยู่หนึ่งคนในคณะลูกศิษย์ที่ชื่อเผด็จ ผ่องสวัสดิ์ (ซึ่งในภายหลังได้บวชเป็นพรภิกษุ และได้มาเป็นรองเจ้าอวาสวัดพระธรรมกาย ชื่อพระเผด็จ ทตฺตชีโว). ในปี 2512 ไชยบูลย์เองได้บรรพชาอุปสมบทเป็นพระภิกษุ และได้รับฉายา "ธมฺมชโย" และต่อมาได้เริ่มสอนกรรมฐานที่วัดปากน้ำภาษีเจริญร่วมกับแม่ชีจันทร์ ในที่สุดคณะลูกศิษย์ได้ขยายไปเป็นจำนวนมาก จึงมีความยากที่จะจัดกิจกกรมที่วัดปากน้ำภาษีเจริญต่อ ดังนั้นในวันที่ 20 ก.พ. พ.ศ. 2513 แม่ชีจันทร์ พระธัมมชโย และพระทัตตชีโว พร้อมกับบรรดาลูกศิษย์ได้ย้ายไปตั้งศูนย์ปฏิบัติธรรมอีกต่างหาก โดยที่มีเริ่มต้นบนที่ดินแปลง 196 ไร่ในอำเภอคลองหลวง จังหวัดปทุมธานี อันเป็นที่มาของวัดพระธรรมกาย