วัดโพธิ์แก้วนพคุณได้จัดสร้างขึ้นนับตั้งแต่ประมาณ พ.ศ. 2471 โดยมี นาย พร้อม นพคุณ เป็นผู้สร้าง ระยะแรกมีหลวงพ่อรอดมาจำพรรษาปกครองวัดเดิมเรียกว่า "วัดบางแก้ว" เพราะวัดตั้งอยู่ริมคลองบางแก้วด้านใต้ มีต้นโพธิ์เงินขึ้นอยู่ริมคลองเป็นสัญลักษณ์ ต่อมาได้เปลี่ยนนามวัดเป็น "วัดโพธิ์แก้วนพคุณ" โดยนำเอาคำว่า "นพคุณ" ซึ่งเป็นนามสกุลของผู้สร้างวัด มาต่อกับคำว่า "โพธิ์แก้ว" เพื่อให้เป็นเกียรติอนุสรณ์แก่ผู้สร้างวัด ชาวบ้านมักเรียกว่า "วัดโพธิ์แก้ว"