พิพิธภัณฑ์จังหวัดหนองคาย เดิมเป็นศากลางหลังแรกของจังหวัดหนองคาย และอาคารตึกหลังแรกของมณฑลลาวพวนซึ่งสร้างในปี พ.ศ. 2440 – 2444 เป็นที่ว่าราชการเมืองหนองคาย จนถึงปี พ.ศ. 2472 จึงได้รับงบประมาณมาสร้างศาลากลางจังหวัดหลังใหม่ขึ้น (หลังที่ 2 และที่ 3) ส่วนอาคารหลังเดิมได้ทำการซ่อมแซมครั้งใหญ่ในปีนั้น และใช้เป็นที่ทำการของส่วนราชการหน่วยงานอื่น จนถึงปี พ.ศ. 2544 จึงได้งบประมาณมาปรับปรุง และซ่อมแซมเพื่อใช้เป็น หอวัฒนธรรมจังหวัดหนองคาย ต่อมาในปี พ.ศ. 2549 วัฒนธรรมจังหวัดหนองคาย ได้จัดตั้งเป็นพิพิธภัณฑ์จังหวัดหนองคาย และมอบให้องค์การบริหารส่วนจังหวัดหนองคาย เป็นผู้ดูแล