วัดนาคปรกสร้างขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2291 รัชสมัยสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ (ก่อนเสียกรุงศรีอยุธยา 19 ปี) เป็นช่วงสมัยอยุธยาตอนปลาย เป็นวัดที่ชุมชนร่วมกันสร้าง เดิมชื่อ วัดปก เนื่องจากตั้งอยู่กลางสวนเหมือนป่าปกคลุม หรือปกไว้ ต่อมาวัดเสื่อมโทรมลง จนในสมัยรัชกาลที่ 3 เจ้าสัวพุก แซ่ตัน (พระบริบูรณ์ธนากร) และภรรยาซึ่งเป็นคนไทย ได้บูรณะอุโบสถ ให้ช่างฝีมือจากเมืองจีน เขียนภาพจิตรกรรมฝาผนังเป็นรูปเครื่องมงคลจีน และเครื่องไหว้ต่าง ๆ เป็นศิลปะจีนแบบมหายาน ยังได้ขอพระราชทานพระพุทธรูปสุโขทัยที่รัชกาลที่ 1 ทรงให้รวบรวมจากหัวเมืองต่าง ๆ มาเป็นพระประธาน โดยพระประธานองค์ประดิษฐานที่วิหารนั้นมีพญานาค 7 เศียรแผ่พังพาน เป็นรูปปูนปั้น องค์พระเป็นพระปางมารวิชัยสัมฤทธิ์ ชาวบ้านจึงได้เรียกว่า วัดนาคปรก