วัดมกุฏกษัตริยารามราชวรวิหาร มีอาคารสำคัญในวัดได้แก่ พระวิหาร และพระอุโบสถ มีลายพระมหามงกุฏอันเป็นตราประจำรัชกาลที่ 4 ทั้งที่หน้าบันและด้านบนของซุ้มประตูหน้าต่างเช่นเดียวกัน ผนังด้านในพระอุโบสถมีภาพจิตรกรรมอันหลากหลายแตกต่างจากวัดอื่น เช่น เรื่องพระสาวกในบาลีและอรรถกถา พระอัครสาวก 11 พระองค์ อัครสาวิกา 8 องค์ ภาพการบำเพ็ญกรรมฐาน สิ่งที่พึ่งปฏิบัติเนื่องด้วยธรรมวินัย ธุดงควัตร บนบานหน้าต่างและบานประตูด้านในเขียนพระสูตรที่เป็นคาถาด้วยตัวอักษรบรรจง เป็นต้น