วัดโบราณที่มีมานานคู่กรุงศรีอยุธยามีชื่อเดิมว่า วัดคอกควาย ได้รับการยกย่องให้เป็นพระอารามหลวงในช่วงกรุงธนบุรี พ.ศ. 2325 ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ สร้างพระอุโบสถหลังเล็กขึ้นถวายและพระราชทานวิสุงคามสีมาให้แก่ทางวัด อีกทั้งทรงพระราชทานนามใหม่ว่า วัดคอกกระบือ ต่อมาในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้กรมหมื่นไกรสรวิชิต เป็นแม่กองปฏิสังขรณ์พระอุโบสถวัดยานนาวา ที่พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกได้เคยปฏิสังขรณ์ไว้แล้ว พร้อมทั้งทรงให้สร้างพระเจดีย์ มีฐานเป็นสำเภาเท่าขนาดเรือสำเภาจริง ซึ่งมีอยู่แห่งเดียวในประเทศไทย แล้วเสร็จใน พ.ศ. 2387 นอกจากนี้ โปรดฯ ให้สร้างกุฏิสงฆ์หลังใหม่จำนวน 2 หลัง โดยปิดทองหน้าบัน บานประตู หน้าต่าง ซุ้มประตูหน้าต่างพระอุโบสถในคราวเดียวกัน นอกเหนือไปจากสำเภาเจดีย์อันโดดเด่นสะดุดตายิ่ง พระอุโบสถของวัดแห่งนี้ ยังถือได้ว่าเป็นงานศิลปกรรมชั้นเยี่ยมในสมัยรัตนโกสินทร์ ทั้งหน้าบันฝีมือช่างหลวงในสมัยรัชกาลที่ 1 ที่ทำเป็นลายเทพพนม ประดับด้วยลวดลายสัตว์หิมพานต์ ภายในพระอุโบสถมีพระประธาน 4 องค์ เป็นพระพุทธรูปปั้นปางมารวิชัย โดยมีขนาดต่าง ๆ กัน ถัดไปคือหอพระไตรปิฎก เป็นอาคาร 3 ชั้น มีสัญลักษณ์และสัณฐานเป็นอาคารทรงไทยประดับยอดปราสาท 3 ยอด ใช้เก็บรวบรวมตู้พระไตรปิฏก คัมภีร์ที่สำคัญของพระพุทธศาสนา หนังสือธรรมะและพระบรมราชานุสาวรีย์พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ประดิษฐานอยู่บริเวณหน้าเจดีย์รูปเรือสำเภา สำหรับให้นักท่องเที่ยวและบุคคลทั่วไปได้เข้าสักการะ