วัดสัมมาชัญญาวาสมีชื่อเรียกอีกชื่อหนึ่งว่า วัดใหม่คลองสอง ตามชื่อคลองที่มีอยู่เดิม นายนิ่ม เกตุหิรัญ, นายม่วม นันวิชัย, กำนันสง่า ศรีอำพันธ์ ได้นำที่ดินจำนวน 6 ไร่ ซึ่งเป็นที่ดินของนางพริ้ง เกตุหิรัญ น้อมเกล้าถวายสมเด็จพระสังฆราชเจ้า กรมหลวงชินวราลงกรณ วัดราชบพิธสถิตมหาสีมาราม เมื่อราวปี พ.ศ. 2516 พระองค์ก็มีพระเมตตารับไว้และทรงดำเนินการสร้างวัดเป็นลำดับต่อมา จากนั้นกระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศเป็นวัดเมื่อ พ.ศ. 2521 วัดได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อวันที่ 29 เมษายน พ.ศ. 2535 ในปี พ.ศ. 2528 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินมาทรงเป็นประธานเททองหล่อพระประธาน ในปี พ.ศ. 2538 สมเด็จพระเจ้าภคินีเธอ เจ้าฟ้าเพชรรัตนราชสุดา สิริโสภาพัณณวดี เสด็จมาทรงประกอบพิธีตัดหวายลูกนิมิต เจ้าภาพได้สร้างศาลาการเปรียญไม้ขึ้นมา 1 หลัง กุฏิเล็ก 4 เสา ประมาณ 20 หลัง พระอุโบสถ 2 ชั้น ก่อฉาบปิดด้วยกระเบื้องเคลือบดินเผาทั้งหลัง ทรงไทยประยุกต์กับลวดลายแบบขอมโบราณ ดำเนินการสร้างโดยพระครูอุทัยธรรมโสภิต (จันทร์ลี อุทคฺโค) อดีตเจ้าอาวาส ร่วมกับประชาชนในชุมชนและใกล้เคียง บริเวณชั้นหนึ่งของพระอุโบสถเป็นที่สำหรับถวายสังฆทาน กราบไหว้บูชาองค์พระพุทธรูปปางต่าง ๆ และรอบบริเวณวัดยังมีศาลากาแฟฟรีและศาลาไถ่ชีวิตโคกระบือ